Первые шаги по строительству храма были предприняты в 1996 г. При активном содействии губернатора Игоря Фархутдинова, мэрия города Южно‐Сахалинска предоставила Южно‐Сахалинской и Курильской епархии участок земли для проектирования храмового комплекса. Построенный храм планировалось назвать в честь Рождества Христова.  На месте строительства храма был установлен и освящен крест. Однако приступить к строительству не удавалось еще несколько лет.

Первый этап подготовительных работ начался осенью 2003 г. Были проведены работы нулевого цикла: планировка грунта, выборка котлована и отливка фундамента. Одновременно велись работы по доработке и согласованию проекта храма.

К осени 2004 г. было определено строить на этом месте деревянный храм в честь святителя Николая архиепископа Мир Ликийских Чудотворца. 19 декабря в день памяти святителя Николая был отслужен молебен, а затем состоялось освящение строительства. Этот день можно считать рождением нового прихода.

Работа по возведению храма продвигалась быстро. Храм собирали из деревянного бруса, недостающую часть которого, поставили Тымовские  лесопромышленные предприятия, как благотворительную помощь. При строительстве храма применен оригинальный способ крепления бруса с помощью березовых шконтов (клиньев), которые заменили металлические гвозди.

Первого апреля 2005 г., в  недостроенном храме была отслужена первая Божественная литургия.

Во второй половине апреля основная часть работ была завершена и в храм был направлен священник. Указом епископа Южно‐Сахалинского и Курильского Даниила первым священником и наместником храма был назначен иерей Павел Алексеев.

В храме стали регулярно проходить службы и совершатся требы, росла и укреплялась община. Внутреннее обустройство храма продолжилось. Были  изготовлены и установлены двух‐ярусный иконостас, левый и правый клиросы. Храм украсили резьбой по дереву.

В 2005 г. при храме начала работать воскресная школа, занятия которой проходили в храме. В этом же году началось строительство здания для школы.

2 ноября 2007 г. в храм назначен второй священник иерей Максим Лобановский.

В 2008 г.  храму были подарены икона Царственных мучеников и икона Пресвятой Богородицы, именуемая «Державная».

22 июля 2009 г. приход святителя Николая архиепископа Мир Ликийских получил государственную регистрацию.

21 сентября 2010 г., во время своего посещения Южно‐Сахалинской и Курильской епархии, Святейший Патриарх Кирилл побывал в храме святителя Николая Чудотворца.

Сегодня храм святителя Николая занимает значительное место в жизни его прихожан и всего города. В нем регулярно проходят богослужения, у верующих есть возможность помолиться и приобщиться Христовых Тайн. Священники и прихожане храма проявляют постоянную заботу и внимание о проживающих по близости инвалидах и престарелых людях.  Посещают школы и больницы, ближайшие воинские части.

Территория храма благоустроена, на ней расположена звоница, небольшой сквер с фонтаном, детская площадка, на которую родители и дети с удовольствием приходят  погулять. Привлекательная архитектура деревянного храма в традиционном русском стиле является украшением города и его достопримечательностью.