По окончании эпохи тотального атеизма по всей России стали возрождаться и строиться православные храмы. Над городами и селами нашей необъятной страны зазвенели церковные колокола. Засеялись новыми духовными семенами и души жителей Сахалина и Курильских островов.

В 1989 году в областном центре с благословения епископа Благовещенского и Тындинского Гавриила (Стеблюченко) был создан первый православный приход в память св. блж. Ксении Петербургской.

 В 1991 году открылись два прихода в городах Холмске и в Охе. Тогда они входили в состав Дальневосточной епархии.

 23 февраля 1993 года определением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и решением Священного Синода была образована Сахалинская епархия Русской Православной Церкви, которую возглавил Преосвященный Аркадий (Афонин) с титулом епископ Южно-Сахалинский и Курильский.

Приоритетным направлением деятельности во вновь образованной епархии стала миссионерская работа, открытие новых приходов и строительство храмов.

В 1995 году в Южно-Сахалинске был открыт кафедральный собор Воскресения Христова. Большую помощь ввозведении храма оказали администрация области и мэр города, впоследствии губернатор И. П. Фархутдинов. 

Средства на строительство храма были собраны за счет пожертвований граждан. Для работ по созданию иконостаса пригласили специалистов с материка. Купола храма покрыли медью. Прихожане же провели благоустройство территории вокруг собора. 

В 1995-1997 гг. настоятелем кафедрального Воскресенского собора в г. Южно-Сахалинске стоал архимандрит Ионафан (Цветков). С 1996 г. руководитель епархиального отдела по взаимодействию с Вооруженными Силами, с 1997 г. ответственный за выпуск епархиальной газеты.

1 августа 1997 г. в Троицком соборе Московского Данилова монастыря хиротонисан во епископа Южно-Сахалинского и Курильского.

В 1999 году решением Святейшего Патриарха и Священного Синода Покровский приход в г. Корсакове был преобразован в мужской монастырь Покрова Божией Матери, который разместился в бывшем морском клубе.

В апреле 2000 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II за большой вклад в возрождение духовности на наших островах наградил губернатора области И. П. Фархутдинова орденом святого благоверного князя Даниила Московского II степени.

Решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 6 октября 2001 года «Епископом Южно-Сахалинским и Курильским определено быть архимандриту Даниилу (Доровских), благочинному Троице-Сергиевой Лавры». Занятие Южно-Сахалинской и Курильской кафедры епископом Даниилом ознаменовалось открытием большого числа приходов. Сейчас их общее количество составляет 48. В них проходит свое служение 53 клирика епархии. 

Возросло и количество православного верующего населения в регионе. В соответствии с договором между администрацией Сахалинской области и Сахалинским государственным университетом в период с 1 февраля по 5 марта 2004 года на территории Сахалинской области проводилось социологическое исследование. Исходя из полученных данных, можно утверждать, что православие является доминирующим религиозным направлением, с которым связывают себя половина респондентов.

В настоящее время в Южно-Сахалинске начал свою работу епархиальный Духовно-Просветительский Центр. Его торжественное открытие состоялось 3 марта 2010 года. 

 Пожалуй, самым значительным событием за всю историю существования Южно-Сахалинской и Курильской епархии стал визит в сентябре 2010 года Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла. Во время своего пребывания на о.Сахалин. Его Святейшество освятил Патриаршее подворье – храм святого благоверного Александра Невского, состоялось освящение Духовно-просветительского центра. Святейший патриарх Кирилл совершил Божественную Литургию на площади Победы в присутствии многочисленных жителей острова. Патриаршее богослужение транслировалось по всем телеканалам Сахалина.